De kern van de NIOD bibliotheekcollectie bestaat uit publicaties over Nederland en het toenmalige Nederlands-Indië tijdens de Tweede Wereldoorlog (1940-1945). Hierbij horen ook lokale en regionale studies, herinneringen en publicaties over de Jodenvervolging. Daarnaast heeft het NIOD een uitgebreide collectie boeken over de Tweede Wereldoorlog in andere landen, waarbij vooral de collectie Duitsland aanzienlijk is.

Naast de kerncollectie bevat de NIOD bibliotheek publicaties over de aanloop tot (Eerste Wereldoorlog, opkomend fascisme, interbellum) en de nasleep van (zuivering, berechting, Bersiap, politionele acties, oorlogsgetroffenen) de Tweede Wereldoorlog. Bovendien is er naast het grote aantal publicaties over de Holocaust een groeiende collectie boeken en tijdschriften aanwezig over andere genocides in de twintigste en éénentwintigste eeuw. Hierbij zijn de genocides in Armenië, Cambodja, Bosnië, Rwanda en Oekraïne relatief goed vertegenwoordigd.

De bibliotheekcollectie bevat naast boeken en (digitale) tijdschriften ook (Maleistalige) kranten, (lucht)pamfletten en illegale bladen uit de Tweede Wereldoorlog, scripties, dvd’s en krantenknipsels.