Het Zuid-Afrikahuis beheert een bibliotheek met een unieke, geheel op Zuid-Afrika gerichte collectie, en de grootste afdeling  Zuid-Afrikaanse literatuur in Europa. Het zwaartepunt van de bibliotheekcollectie ligt op de gebieden van oude en moderne Zuid-Afrikaanse taal- en Letterkunde en geschiedenis. Daarnaast zijn verwante onderwerpsgebieden, zoals cultuur, kunst, godsdienst en architectuur zijn ook goed vertegenwoordigd. Daarnaast is er een grote collectie archieven over de Nederlands-Zuid-Afrikaanse betrekkingen vanaf de late negentiende eeuw tot nu.